كلية الطب
افتتحت كلية الطب في جامعة ميسان عام 2008 بعمادة الدكتور عبد الكريم جاسم البهادلي , حيث استقبلت الكلية في اول عام دراسي لها 28 طالب وطالبة منهم 6 من محافظة ميسان و22 طالب وطالبة من محافظات العراق وفي العام الدراسي التالي 2009-2010 استقبلت الكلية 32 طالب وطالبة 10منهم من محافظة ميسان و22 طالب وطالبة من محافظات العراق البقية
كلية العلوم
تأسست كلية العلوم / جامعة ميسان 26/5/2008 بعد ان تم استحداث قسمي الكيمياء وعلوم الحياة , حيث تعتبر كلية العلوم احد الصروح العلمية والتي ترتبط بمدى واسع من مجالات المعرفة وتعتبر قاعدة اساسية لجميع العلوم الاخرى وخصوصاً العلوم الطبية والهندسية
كلية القانون
تأسست كلية القانون / جامعة ميسان في 1/10/2007 كإحدى كليات جامعة ميسان , وهي صرح علمي حضاري يستقطب أبناء المحافظة حيث فتحت الكلية أبوابها لاستقبال الطلاب في نفس سنة التأسيس إذ بلغ عدد الطلاب المقبولين ( 63 ) طالبا وبذلك أصبحت تسهم بنصيب كبير في ميدان دراسة القانون وقد اختير أعضاء الهيئة التدريسية بها عند إنشائها من بين أعضاء هيئة التدريس في كلية التربية – جامعة ميسان وكلية القانون – جامعة البصرة ومع ذلك فأنهم قاموا بعملهم خير قيام وما زالوا يقومون بمهمتهم بجد و اجتهاد , ومن ضمن الخطة الخمسية هناك فكرة افتتاح قسم للعلوم السياسية ضمن الكلية كي تتوسع وتساهم بدور كبير في بناء العراق الجديد وخدمة أبناء العراق عامة و أبناء المحافظة خاصة والرقي بهذه المحافظة المحرومة
كلية التربية
تأسست كلية التربية في ميسان في العام الدراسية 1999/2000 وتم افتتاحها بشكل رسمي بتاريخ 1/8/2000 لتكون صرحا علميا ورافدا من روافد البناء والمعرفة في المحافظة . تضم الكلية أربعة أقسام علمية هي (اللغة العربية , التاريخ , الجغرافية ) ثم فنح قسمين علميين آخرين هما قسمي ( اللغة الإنكليزية والرياضيات )
كلية التربية الاساسية
تأسست كلية ( المعلمين ) في العام الدراسي 1994/1993 بعد تحويل معهد المعلمين المركزية والبالغة خمسة معاهد في ( ميسان – بغداد – الحلة – الموصل – دهوك ) الى كليات المعلمين التابعة إلى وزارة التعليم العالي والبحث العلمي وثمانية فروع هي ( اللغة الإنكليزية , اللغة العربية , الرياضيات , العلوم العامة , العلوم الاجتماعية , التربية الفنية , التربية الرياضية , معلم الصف الأول ) وقسم التربية الإسلامية حيث تمنح الكلية شهادة بكالوريوس تربية / انحياز للتخصصات أعلاه وأعداد معلم متمكن مهنيا ... جرت عدة تغييرات على المناهج حيث كان التخصص يبدأ من المرحة الثالثة للتخصصات أعلاه ثم في العام الدراسي 2002/2003 بدأ التخصص من المرحلة الثانية ثم بدأ التخصص من المرحلة الأولى وتحويل الفروع إلى أقسام من العام الدراسي 2004/ 2005 ... وتخرج عدد كبير من الطلبة وللمحافظات الجنوبية ( بصرة , ذي قار , واسط , الديوانية, السماوة ) وحتى من محافظات الوسط والشمالية من المعلمين الجامعيين وقد حصل طلبة كليتنا على المراكز الأولى على الجامعات ولعدة سنوات . وقد تم فتح قسم للدراسات العليا في العام الدراسي 2002/2003 وقد تخرج ( 8 ) طلبة ( 4 ) منهم في طرائق التدريس اللغة العربية و( 4 ) في طرائق تدريس العلوم الاجتماعية
كلية الادارة والاقتصاد
تأسست كلية الإدارة والاقتصاد عام 2007 على وفق كتاب أمر التأسيس الصادر من وزارة التعليم العالي والبحث العلمي من جمهورية العراق من قسم الدراسات والتخطيط في 27/5/2007.
كلية التربية الرياضية
هي مؤسسة علمية تربوية تهدف إلى أعداد أجيال من الطلبة المسلحين بالعلم لبناء بلدهم وتعد واحدة من واجهات الصرح العلمي لجامعة ميسان وقد خطت خطوات واسعة رغم حداثتها . تأسست في 2005/2006 من أقسامها قسم التدريب الذي يهدف إلى أعداد الرياضي أعداد كاملا من جميع النواحي ودفعه للوصول إلى أعلى المراتب على صعيد المراتب الرياضية والقسم الثاني قسم التدريس والذي يهدف إلى تنمية عناصر اللياقة البدنية وأعداد مدرسين ومدربين و اكتشاف المواهب الرياضية .